Last Order เริ่มต้นเมื่อนาโนเทคโนโลยีของ Desty Nova คืนชีพ Alita ในเมือง Tiphares ที่ลอยน้ำได้ ความลับสีดำของเมืองถูกเปิดเผยอย่างเลวร้าย แต่ดูเหมือนว่าจะเป็นเพียงส่วนน้อยของโลกที่มีความซับซ้อน เข้าสู่อวกาศกับ บริษัท เก่าและใหม่เพื่อเรียนรู้เพิ่มเติมเกี่ยวกับอดีตที่เธอลืมไปและเท่าเทียมกันเพื่อตามหาลูคอลลินส์เพื่อนรักที่หายไปของเธออลิตาจมอยู่กับการต่อสู้ระหว่างดาวเคราะห์ระหว่างอำนาจหลักของระบบสุริยะที่ตกเป็นอาณานิคม ระหว่างทางเธอสร้างพันธมิตรกับ Alita Replicas สามตัวที่ตอนนี้เริ่มเชื่อในตัวเองผู้ยิ่งใหญ่ที่น่ารังเกียจและ Nova เองเมื่อเธอเข้าสู่ Zenith of Things Tournament (ZOTT) ซึ่งเป็นการแข่งขันต่อสู้ที่จัดขึ้นทุกๆ 10 ปี รวมถึงวิธีการที่โลกปรากฏตัวจากฤดูหนาวที่มีผลกระทบจากหายนะซึ่งกวาดล้างประชาชนส่วนใหญ่ตลอดความยาวของการบรรยายประวัติเพิ่มเติมเกี่ยวกับฉากของ Battle Angel Alita ที่ไม่ได้เปิดเผยในสตริงก่อนหน้านี้จะแสดงขึ้น
