พี่น้องแสดงเทคนิคการเล่นแร่แปรธาตุที่ต้องห้ามในการแปลงร่างของมนุษย์เพื่อพยายามทำให้เธอฟื้นคืนชีพเมื่อทริชาเสียชีวิตด้วยโรคระบาด เป็นผลให้การเปลี่ยนรูปกลับตาลปัตรและในทางกฎหมายด้วยการแลกเปลี่ยนที่เท่าเทียมกันขาซ้ายและร่างกายทั้งหมดของเอ็ดเวิร์ดของอัลฟองส์ก็พังพินาศ เอ็ดเวิร์ดสูญเสียแขนขวาเพื่อช่วยวิญญาณของอัลฟอนส์โดยผูกผนึกเลือดไว้ในชุดเกราะ รอยมัสแตงเชิญเอ็ดเวิร์ดมาเป็นวิธีการฟื้นฟูร่างกายของอัลฟอนส์ที่วิจัยโดยนักเล่นแร่แปรธาตุแห่งรัฐ เอ็ดเวิร์ดได้รับชัยชนะกลายเป็นชื่อตามแขนขาเทียมของเขานักเล่นแร่แปรธาตุ Fullmetal
สามปีต่อมา Elrics ค้นหาศิลาอาถรรพ์ในตำนานเพื่อบรรลุจุดมุ่งหมาย มาร์โกห์ส่งบันทึกของเขาไปให้พวกเขาพบ แต่พวกเขาเรียนรู้ว่าปัจจัยสำคัญในการสร้างศิลาคือการเสียสละของมนุษย์ Maes Hughes เพื่อนร่วมรุ่นของ Mustang ทำการวิจัย แต่ถูกยิงเสียชีวิตด้วยความอิจฉาที่ปลอมตัวมาเพื่อค้นหากลยุทธ์ของ Homunculi
เมื่อพบกับอิซึมิเอลริกเรียนรู้การแปลงร่างของมนุษย์ถูกเธอกระทำต่อลูกที่ยังไม่เกิด Homunculus Greed อันธพาลจับตัว Alphonse ได้ แต่ King Bradley ประธานาธิบดีของ Amestris ได้รับการช่วยเหลือซึ่งแสดงให้เห็นว่าทำหน้าที่เป็น homunculus Wrath ดังนั้นความโลภจึงถูกหลอมละลายและดูดซึมกลับเข้าไปในตัวพ่อของโฮมุนกูลีผู้ริเริ่ม วินรีและเอลริกกลับไปที่เซ็นทรัลซิตี้เพื่อไปกับฮิวจ์ แต่เรียนรู้ถึงการจากไปของเขา ร้อยโทมาเรียรอสถูกล้อมกรอบด้วยคดีฆาตกรรมของฮิวจ์ แต่มัสแตงถูกสังหาร แต่เอ็ดเวิร์ดรู้ว่าการจากไปของรอสถูกจัดฉากขึ้นดังนั้นเธอจึงสามารถลักลอบนำมัสแตงจากอเมริกาไปยังซิงได้โดยได้รับความช่วยเหลือจากเจ้าชายหลิงเหยา Xingese โฮเฮนไฮม์กลับมารวมตัวกับเอ็ดเวิร์ดอีกครั้ง แต่เกลียดที่เขาไม่อยู่ที่พำนักเป็นเวลานาน
ในขณะที่การเล่าเรื่องก้าวหน้าขึ้น Homunculi จะพบกับตัวละครเอกซ้ำ ๆ มัสแตงฆ่าตัณหา; มัสแตงและหลิงจับความตะกละได้ แต่สุดท้ายเขาก็บริโภคความอิจฉาจนกลายเป็นโมฆะและเอ็ดเวิร์ดท้องเหมือนหลิง ความตะกละพาอัลฟอนเซไปพบพ่อ แต่หลิงเปลี่ยนเป็นโฮมุนคูลัสโดยเฉพาะอวตารใหม่ล่าสุดแห่งความโลภเมื่อคนอื่น ๆ หนีจากท้องของความตะกละ Elrics ได้รับการปล่อยตัวเพื่อดำเนินการตามหาต่อไปโดยที่พ่อไม่ได้ต่อต้านพวกเขา
เมื่อพบอุโมงค์ใต้ดินใต้บริกส์นายพลโอลิเวียร์อาร์มสตรองพบพ่อและพวกเอลริกได้สร้างกลุ่มการเปลี่ยนรูประดับชาติและตั้งใจที่จะให้พลเมืองของตนเพื่อที่เขาจะได้ขึ้นสู่ความเป็นพระเจ้า ความโลภกลับทรยศหักหลังพ่อและความทรงจำของตัวเองก่อนหน้านี้โดยร่วมมือกับหลังจากนั้นและเอ็ดเวิร์ดลูกน้องของคิมบลีโฮเฮนไฮม์ โฮเฮนไฮม์เปิดเผยกับลูกชายของเขาทีละคนว่าเขาไม่ใช่มนุษย์กลายเป็นศิลาอาถรรพ์ที่มีชีวิตโดยคุณพ่อเมื่อสี่ร้อยปีก่อน
วันแห่งพันธะสัญญามาถึงและคุณพ่อเตรียมที่จะเริ่มกลยุทธ์ของเขาโดยมีคราสและผู้ที่พยายามแปลงร่างมนุษย์เป็นเครื่องบูชาที่จำเป็น ตัวละครเอกต่าง ๆ ขัดแย้งกับสมุนของพ่อโดย Homunculi ทั้งหมดจะหมดอายุ หลังจากมัสแตงที่ถูกบังคับเช่นเดียวกับเอลริกอิซูมิโฮเฮนไฮม์ถูกรวบรวมเนื่องจากสาเหตุที่พ่อกระตุ้นให้เกิดการเปลี่ยนรูประดับชาติ อย่างไรก็ตามสการ์และโฮเฮนไฮม์กระตุ้นให้ชาวอามีสเทรียนได้รับความรอดด้วยมาตรการตอบโต้ ความโลภถูกทำลายโดยคุณพ่อแม้ว่าคุณพ่อจะต้องเผชิญหน้าเหนือพื้นดินที่ตัวละครเอกต่อสู้กับเขาเพื่อทำลายศิลาอาถรรพ์ของเขา
Alphonse ซึ่งมีเกราะทั้งหมด แต่ถูกทำลายลงจากความขัดแย้งครั้งสุดท้ายกับพ่อทำให้วิญญาณของเขาฟื้นแขนขวาซึ่งจะทำลายศิลาของพ่อส่งเขากลับไปที่ประตูไร้ตัวตนแห่งความจริงของเอ็ดเวิร์ด เอ็ดเวิร์ดสูญเสียพลังในการเล่นแร่แปรธาตุเพื่อฟื้นคืนวิญญาณและร่างกายของอัลฟอนส์ โฮเฮนไฮม์มองเห็นหลุมศพที่เขาเสียชีวิตพร้อมกับรอยยิ้มของทริชา
